UNESCO telah beberapa kali menjadi tumpuan berikutan kontroversi yang dihadapinya terutamanya di Amerika Syarikat, United Kingdom, dan Singapura. Semasa tahun 70-an dan 80-an, sokongan UNESCO bagi "Orde Maklumat Baru Dunia" dan Laporan MacBridenya yang mengesa pengdemokrasian media dan pengaksesan maklumat telah dikutuk oleh negara-negara berkenaan sebagai satu usaha untuk menghapuskan kebebasan akhbar. UNESCO dianggap oleh sesetengah pihak sebagai platform bagi pihak komunis dan negara-negara Dunia Ketiga untuk menyerang negara-negara Barat. Pada tahun 1984, Amerika Syarikat menghentikan sumbangannya dan keluar daripada pertubuhan itu sebagai tanda protes. Hal ini diikuti oleh United Kingdom pada tahun 1985 dan Singapura pada tahun 1986. Dengan berlakunya perubahan kerajaan di UK pada tahun 1997, UK menyertai semula pertubahan ini. Amerika Syarikat pula kembali menyertai pertubuhan ini pada tahun 2003. Semasa waktu beberapa reformasi telah dilakukan di pertubuhan ini.